細胞純度研究的分析對象可包括

活細胞比率：當細胞產品為單一細胞種類并具有均一性時，一般可以通過直接檢測產品中活細胞的比率來研究產品的純度。 

細胞亞群比率：當細胞產品為多種不同類型或不同基因型/表型細胞所組成的混合物時，建議通過檢測與治療效果相關的各個不同細胞亞群的比率來研究產品的純度，并進一步綜合評估產品的質量和有效性。某些情況下，也可以對產品細胞按代謝類別、成熟階段（幼稚、衰老、耗竭等）進行分類。 

功能性細胞的比率：當細胞產品中同時存在功能性和非功能性細胞時，如進行了基因修飾/改造或體外誘導等操作后的細胞產品，建議通過檢測功能性細胞比率來研究產品的純度。比如在 CAR-T 產品中，在進行了嵌合抗原受體基因轉入的操作后，純度分析的目標細胞群應選擇能同時正確表達嵌合抗原受體（CAR） 和 T 細胞標記的功能性細胞，不能包括未表達 CAR 的 T 細胞和雖表達 CAR 但T 細胞標記不正確的細胞。 

 除了以上三個細胞方面檢測，還可進行質粒純度、mRNA純度的檢測。