質粒的質量控制通常需要考慮質粒鑒別、含量、 純度（包括 DNA 形式及雜質）、無菌、內毒素等。

質粒的純度控制包括兩個方面，一方面控制質粒本身的質量，如可采用 OD260/OD280 的比值、電泳法或液相法等，不僅可以控制質粒所占的百分比，還可分析及檢測質粒的不同形式，如超螺旋、解螺旋及線性異物體的比例。

譜新生物配備Agilent^? 1260 Infinity II高效液相色譜儀，可準確高效的對質粒純度進行分析，也提供凝膠電泳法檢測純度，紫外光譜UV法檢測濃度。